После окончания войны согласно жалованной грамоте императрицы Екатерины II от 30 июня 1792 года Войску черноморскому, «В изъявление особливых внимания и милости, за мужественные подвиги на суше и водах и неустрашимую верность в течение благополучной войны с Портою Оттоманскою» был пожалован «остров Фанагория с землями, между Кубанью и Азовским морем лежащими».
1 января 1794 года войсковое правительство опубликовало нормативный акт, названный «Порядок общей пользы», заключавший в себе организационные начала по управлению войском, землепользованию и расселению казаков.
В документе говорилось: «Для заведения и утверждения по всей войсковой земле к долгоденственному спокойствию благоустройного порядка разделить войсковую землю на пять округов и завесть окружные правления под
названием таковым: первое, при речке Кубани между казачьим ериком и Усть-Лабинской крепостью, в городе Екатеринодаре, — Екатеринодарское…».
С этого момента началась предыстория Екатеринодарского отдела как административно-территориальной единицы войска. Каждое окружное правление имело свою печать. На печати Екатеринодарского округа был изображен казак, водружающий ратище в землю и стреляющий во врага.
Однако уже в 1802 году по указанию военной коллегии вместо пяти округов было образовано четыре. Екатеринодарский округ в то время включал с себя собственно Екатеринодар, и 18 куренных селений, названных в честь бывших куреней запорожской сечи: Ивановский, Сергиевский, Динской, Поповичевский, Васюринский, Роговской, Полтавский, Мышастовский, Величковский, Пластуновский, Ведмедовский, Пашковский, Новонижестеблиевский, Новотитаровский, Староджерелиевский, Старокорсунский, Старонижестеблиевский.
Согласно Положению «О черноморском казачьем войске» утвержденного императором Николаем I 1 июля 1842 года, войско в административном отношении было разделено на три округа, в том числе — Екатеринодарский. Главное управление войска находилось в Екатеринодаре, названное — Екатеринодарское окружное управление.
Начальником округа назначался генерал или штаб-офицер, который одновременно руководил окружным дежурством (штабом), состоящим из окружного адъютанта (в чине есаула), его помощника (в чине сотника или хорунжего) и аудитора.
Гражданское управление округом осуществляли окружной суд, сыскное начальство, словесный мировой суд и окружная прокуратура. Органами казачьего самоуправления были станичный Сбор и станичное правление, состоящее из атамана, и двух судей избираемых на Сборе на три года и двух назначаемых писарей.
Соответственно Положению менялось количество населенных пунктов и границы Екатеринодарского округа. Так, в 1842 году в состав Екатеринодарского округа входили 22 станицы.
8 февраля 1860 года был издан указ императора Александра II о наименовании правого крыла Кавказской линии — Кубанской областью, левого — Терской областью.
19 ноября 1860 года Черноморское казачье войско было переименовано в Кубанское казачье войско. «В состав войска обратить первые шесть бригад Кавказского линейного войска, в полном составе, с землею, которою они доселе пользовались, со
всеми войсковыми и общественными заведениями и зданиями, в районе этих бригад находящимися.
Территориальный состав Кубанской области был закреплен указом от 30 декабря 1869 года «О преобразовании административных учреждений в Кубанской и Терской областях». По этому документу область делилась на 5 уездов – среди них и Екатеринодарский.
В 1888 году издается новый документ — «Учреждение управления Кубанской и Терской областей» по которому вместо семи уездов вводилось семь отделов, в том числе и Екатеринодарский. Этот год можно считать настоящим годом рождения отдела. На 1888 год в Екатеринодарский отдел входили 24 станицы и тридцать один закубанский аул.
Граница отделов определялась таким образом, чтобы закубанская полоса, где жило самое бедное казачье население, входило в отделы частями, обеспечивая комплектование пеших пластунских батальонов. Во главе отдела находилось правление отдела и отдельский атаман в чине полковника или генерал-майора, который подчинялся Наказному атаману войска. Как правило, атаманом Екатеринодарского отдела назначались наиболее известные и подготовленные штаб-офицеры – так, с 1897 года
атаманом отдела был будущий Наказной атаман Кубанского казачьего войска генерал от инфантерии М.П. Бабыч.
Екатеринодарский отдел Кубанского казачьего войска по площади был наименьший среди других отделов войска и составлял 8346,5 квадратных верст. Территория отдела разделялась Кубанью на северную и южную части. Северная — степная часть отдела, с городом Екатеринодаром, состояла из наиболее крупных и богатых, расположенных на плодородной черноземной почве «черноморских» станиц, большая часть из которых была основана в первые годы переселения черноморцев на Кубань. Южная часть, напротив, состояла из горских аулов, а также казачьих станиц предгорья и селений коренных жителей, основанных в середине-конце XIX века и представляла собой холмистую, изрезанную оврагами и балками и заросшую лесной порослью землю.
Согласно переписи 1897 года в Екатеринодарском отделе числилось 72 населенных пункта и множество мелких хуторов. Наиболее крупные казачьи станицы, такие как Пашковская, Новотитаровская, Динская и другие имели до десяти тысяч и более жителей. В городе Екатеринодаре, станице Ладожской и местечке
Горячий Ключ работали Войсковые больницы. В Екатеринодаре, станицах Усть-Лабинской и Ладожской действовали почтово-телеграфные учреждения.
К 1914 году в Екатеринодарский отдел входило 35 казачьих станиц. В таком виде Екатеринодарский отдел просуществовал до 1920 года до установления на Кубани Советской власти.
Впоследствии, после реорганизации Кубанской области он был упразднен, часть территории отдела вошла в Краснодарский округ, который в свою очередь был поделен на районы.
И только через 70 лет с началом движения казачьего возрождения Екатеринодарский отдел был вновь воссоздан.
В октябре 1990 года на первом учредительном съезде казаков Кубани была учреждена Кубанская казачья Рада, первоначально действующая в форме общественной организации.
После подписания Указа Президента Российской Федерации от 15.06.1992 года № 632 «О мерах по реализации Закона Российской Федерации «О реабилитации репрессированных народов» в отношении казачества в казачьих регионах стали создаваться казачьи общества. Кубанская казачья Рада была реорганизована во
Всекубанское казачье войско, а с 1997 года – в Кубанское казачье войско.
23 января 1993 года общий Сбор казаков Екатеринодарского отдела принял временный Устав Екатеринодарского отдела, утвержденный постановлением главы администрации Краснодарского края № 197 от 27.05.1993 года. Впоследствии Устав отдела был приведен в соответствие с действующим российским законодательством.
Первый Сбор казаков Екатеринодарского отдела проходил в здании Краснодарской филармонии, Атаманом был избран преподаватель Краснодарского высшего военного командно-инженерного училища ракетных войск подполковник Петр Тихонович Мужиков.
В 1994 году вторым атаманом отдела был избран полковник Алексей Александрович Аникин.
В 1996 году на пост атамана Екатеринодарского отдела избран войсковой старшина Владимир Андреевич Коновалов, ставший затем казачьим полковником, депутатом Законодательного Собрания Краснодарского края, председателем комитета по военным вопросам, воспитанию допризывной молодежи и делам казачества.
В 2008 года казаки на Отчетно-выборном Сборе избрали атаманом отдела Виктора Георгиевича Светличного. Сегодня казаки Екатеринодарского отдела Кубанского казачьего войска являются достойными продолжателями славных дел и традиций своих отцов и дедов! Слава Кубани, Слава России! И, Слава Богу, что мы казаки!